Ein steuerlicher Stolperstein kann der Unterschiedsbetrag sein, der am Ende einer Schiffsbeteiligung fällig werden kann. Klaffen der Buchwert des Schiffs und der tatsächliche Marktwert auseinander, kann ein zu versteuernder Differenzbetrag entstehen. Kann der Schiffsfonds diesen Betrag nicht begleichen, können auch die Anleger herangezogen werden. Bei Krediten in US-Dollar, japanischen Yen oder Schweizer Franken kann auch ein steuerlich relevanter Unterschiedsbetrag zwischen dem Buchwert und dem „Wechselkurswert“ der Kredite entstehen. Es können also auch nach dem wirtschaftlichen Ende des Schiffsfonds noch steuerliche Fragen wichtig werden. Anleger, deren Schiffsfonds nach Tonnage besteuert, sind von dieser Problematik zwar nicht betroffen, aber auch auf sie können noch Steuerfragen warten.
Die Erlöse, die ein Schiffsfonds erwirtschaftet, werden als Einkünfte aus Gewerbebetrieb behandelt. Diese Einkünfte werden auf die Anleger verteilt und können von diesen im Rahmen der Einkommensteuererklärung geltend gemacht werden. Verluste können steuerlich abgesetzt werden. Die Steuern werden also von den wirtschaftlichen Eigentümern und nicht vom Schiffsfonds selbst bezahlt. Da ein Schiffsfonds wegen der millionenschweren Anfangsinvestitionen - man denke nur an den Erwerb des Schiffs – zu Beginn oft Verluste verzeichnet, können gerade zu Beginn der Schiffsbeteiligung große steuerliche Effekte erzielt werden.
Eine steuerliche Besonderheit der Schiffsfonds ist die 1999 eingeführte Tonnagesteuer. Diese erlaubt, dass nicht der tatsächliche Gewinn, sondern ein fiktiver, pauschaler Gewinn versteuert wird. Die Anleger müssen den ihnen zugewiesenen pauschalen Gewinn mit ihrem individuellen Steuersatz versteuern. Der Fiktivgewinn errechnet sich nach der im Tonnen angegebenen Nettoraumzahl des Schiffs – hieraus leitet sich auch der Name Tonnagesteuer ab. Seit dem 10.11.2005 muss von Anfang an festgelegt werden, ob ein Schiffsfonds nach Tonnage versteuern möchte. An diese Wahl ist der Fonds 10 Jahre gebunden. Daher entfällt das früher beliebte Kombimodell, das nach der Geltendmachung der Anfangsverluste auf das Tonnagemodell, das eine günstige Besteuerung der Gewinne erlaubt, übergegangen wurde.
Doch die Tonnagebesteuerung bietet nicht nur Vorteile. Im Jahr 2012 weisen die Bilanzen vieler Schiffsfonds keine Gewinne mehr aus, da die wirtschaftliche Lage angespannt ist. Durch die Krise der Schifffahrt verringerten sich die Einnahmen vieler Schiffsfonds. Für die Anleger bedeutet dies oft, dass sie sich mit reduzierten Ausschüttungen begnügen müssen oder gänzlich auf Ausschüttungen verzichten müssen. Dennoch müssen sie die fiktiven Gewinne ihrer Schiffsbeteiligung versteuern, ohne dass entsprechenden Ausschüttungen entgegenstehen.
Schon anhand dieser beiden, nur übersichtsartig angerissenen Stichpunkte lässt sich erkennen, dass die steuerlichen Gegebenheiten einer Schiffsbeteiligung vielschichtig sind. Den Chancen als Steuersparmodell stehen Steuerrisiken gegenüber. Daher mussten Anleger vor der Investition in einen Schiffsfonds von den Beratern die steuerlichen Aspekte eines Schiffsfonds ausführlich erläutert werden, denn es lauern Risiken. Wurde über die Risiken nicht aufgeklärt, stehen Schadensersatzansprüche der Anleger im Raum. Ein Fachanwalt für Bank- und Kapitalmarktrecht kann prüfen, wie gut die individuellen Chancen der Anleger auf Schadensersatz sind.