Wenn neu aufgelegte Schiffsfonds/Schiffsbeteiligungen bereits im Jahr der Indienststellung zur Tonnagesteuer optieren, ist kein Unterschiedsbetrag zu ermitteln, da man davon ausgeht, dass der Kaufpreis dem Marktwert entspricht. Anleger solcher Schiffsfonds/Schiffsbeteiligungen sind also von der Problematik des Unterschiedsbetrags ausgenommen.
Je nachdem wie sich die Kurse entwickelt haben resultiert ein positiver Unterschiedsbetrag, welcher eine Gewinnhinzurechnung bewirkt, oder ein negativer Unterschiedsbetrag, welcher zu einer Verlustzuweisung bei ihrer Auflösung führt. Der anteilige Unterschiedsbetrag muss mit dem persönlichen Steuersatz des Anlegers versteuert werden: die Versteuerung geschieht entweder mit der Veräußerung des Schiffes am Ende der vorgesehenen Laufzeit, also bei Fondsauflösung, bei dem Verkauf der Beteiligung durch den Anleger oder aber wenn zur normalen Gewinnermittlungsart zurückgekehrt wird. Bis dahin wird der ermittelte Unterschiedsbetrag in die Tonnagesteuer-Rücklage eingestellt.
Zunächst erscheint die Ermittlung des Unterschiedsbetrags recht einfach zu sein, doch ergeben sich in der Praxis erhebliche Probleme, denn die Initiatoren von Schiffsfonds/Schiffsbeteiligungen werden regelmäßig versuchen den Marktwert so gering wie möglich anzusetzen, während das Finanzamt den Marktwert eher so hoch wie möglich ansetzen möchte. Kommt es dann zu einer Betriebsprüfung durch das Finanzamt kann es vorkommen, dass für das Jahr der Optierung zur Tonnagesteuer der Unterschiedsbetrag durch das Finanzamt geändert und in den meisten Fällen erhöht wird. Hieraus folgt für den Anleger von Schiffsfonds/Schiffsbeteiligungen, dass er auch bei bereits erfolgtem Verkauf seiner Beteiligung nachträglich höhere Steuern bezahlen muss und somit vor einer Steuernachzahlung nicht geschützt ist.
Schwierig wird es auch für Anleger von Schiffsfonds/Schiffsbeteiligungen, die erst während der Laufzeit des Fonds zur Tonnagebesteuerung wechseln wollen, da ein solcher Wechsel nicht immer sinnvoll ist, nämlich wenn der Marktwert des Schiffes und somit der Unterschiedsbetrag so hoch ist, dass er die Vorteile der Tonnagebesteuerung nicht überwiegen würde. Vor allem muss hierauf geachtet werden, wenn der Schiffsfonds bzw. die Schiffsbeteiligung bald aufgelöst werden soll, da dann der Unterschiedsbetrag voll zu versteuern ist, egal wie lange der Anleger die Vorteile der Tonnagesteuer nutzen konnte.
Insgesamt sollten Anleger von Schiffsfonds/Schiffsbeteiligungen also sehr genau auf den Zeitpunkt des Verkaufs ihrer Anteile achten und Schiffsfondsinitiatoren auf den Zeitpunkt des Verkaufs des Schiffes, da – falls ein Unterschiedsbetrag ermittelt wurde – dieser Unterschiedsbetrag zu diesen Zeitpunkten versteuert werden muss und auf den Anleger somit hohe Steuerforderungen zukommen könnten.
Anleger die derzeit einen Schaden bei den Schiffsfonds erleiden, sollten sich unbedingt umgehend beraten lassen, da Ansprüche zu verjähren drohen. Die Anlegerkanzlei Dr. Stoll & Kollegen vertritt Anleger verschiedener Schiffsfonds.